Logiciel SIEVE™ d'expression différentielle sans marquage isotopique
Le logiciel SIEVE™ permet de faire des analyses quantitatives d'expression différentielle sans marquage isotopique sur des protéines et des peptides à partir de la comparaison de jeux de données LC/MS multiples. C'est un outil statistiquement rigoureux dédié à l'analyse des données provenant d'expériences de mise au point de biomarqueurs. Demandez une copie de la brochure sur SIEVE.
SIEVE effectue une analyse différentielle de populations d'échantillons en comparant les informations spectrales provenant d'analyses LC/MS d'échantillons de contrôle “sains” et d'échantillons “malades” (ou de traitement) pour déterminer s'il y a des changements entre les deux échantillons qui pourraient indiquer une expression différentielle de protéines. Les éléments présentant des différences statistiquement significatives sont envoyés vers une recherche en base de données SEQUEST® pour déterminer l'identification de peptides et de protéines. L'utilisation de SIEVE pour pré-filtrer les données réduit grandement le nombre de spectres à chercher en bibliothèque, ce qui réduit de façon significative le temps passé à l'identification de protéines et améliore le nombre d'expériences complexes de recherche de biomarqueurs.
SIEVE utilise les intensités MS ides données brutes de la LC/MS sans aucun besoin de manipuler ou de “modéliser” les pics pour trouver des différences statistiques. Le procédé s'effectue sans marquage isotopique d'aucune sorte.
SIEVE est un outil statistiquement rigoureux pour l'analyse des données acquises durant les expériences de recherche de biomarqueurs et a une puissance telle qu'il peut comparer jusqu'à 100 fichiers LC/MS dans une expérience de type 50 échantillons par rapport à 50 contrôles simultanément, mais peut également faire une simple comparaison de deux fichiers d'échantillons.
SIEVE emploie un nouvel algorithme appelé ChromAlign™ pour l'alignement des chromatogrammes avant qu'un processus itératif unique appelé "Recursive Base Peak Framing" trouve les différences statistiquement significatives.
SIEVE fournit une "p-value"pour le rapport d'expression de chaque biomarqueur supposé, ce qui procure un élément de confiance supplémentaire.
Chaque copie de SIEVE avec une licence du logiciel Spotfire® DecisionSite™, un puissant environnement visuel interactif. Il inclut également des formats prédéfinis personnalisés pour l'analyse des données d'expression différentielle.
SIEVE s'accomode aussi bien de données à basse qu'à haute résolution, y compris les données venant du spectromètre à trappe d'ions linéaire Finnigan™ LTQ™, mais aussi du système hybride LTQ Orbitrap™ et du LTQ FT Ultra™.
L'ajout du logiciel SIEVE pour l'analyse de l'expression différentielle sans marquage isotopique à la puissance analytique inégalée des spectromètres de masse Finnigan LTQ FT et hybride LTQ Orbitrap permet désormais de constituer une solution complète pour la recherche de biomarqueurs.
SEQUEST est une marque déposée de l'Université de Washington. DecisionSite est une marque et Spotfire une marque déposée de Spotfire, Inc. Toutes les autres marques sont la propriété de Thermo Fisher Scientific et de ses affiliés.
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